論曰：護身等說，有三種清淨，今當說是義。云何謂己身受用清淨俱獲安隱？若人於身示現淨飲食，成熟正等菩提。如《秘密大乘經》云：
「復次，菩薩於大城邑、大塚壙間，以無數百千眾生充滿其中，而菩薩摩訶薩示死滅相，現旁生趣大身眾生，乃至令食身肉。於命終時，得生天界及餘善趣。以是因緣，乃至最後入於涅槃，所謂菩薩宿願清淨，於此長夜酬其宿願，作利益事。臨命終時，令食身肉，以是因緣得生天界；乃至最後入於涅槃。謂若成就持戒、成就思惟、成就希求，宿願如是。」
彼經復說：「現法身光，為諸眾生作利益事。寂惠當知！譬如活命醫王，集諸妙藥，擣篩和合，成女人相，姝妙端正，人所樂見，而善安立施作等事，行、住、坐、臥如其分別。諸有國王、王子、大臣、官長、長者、居士，而或來詣活命醫王。時彼妙藥所成女人，相與給侍。由給侍故，一切輕安，得無病惱。佛言：『寂惠！汝且觀是活命醫王，深植妙樂，除世間病，然餘醫師無有是智。寂惠！現法身光菩薩亦復如是，乃至男子、女人、童男、童女及餘眾生，為貪、瞋、癡遍觸其身，熾然燒煮，若彈指頃一切煩惱遠離燒煮，身獲輕安，所謂菩薩宿願極清淨故。』」論曰：此身清淨義者，譬如苗稼，為草所覆而不滋茂，是菩提芽為煩惱覆亦不增勝。若不行對治，思惟悕求，何容解脫令彼增長？汝諸世間一心伺察，罪業清淨則身器清淨，說為正覺。
復次，罪清淨者，《四法經》云：「佛言：『慈氏！若菩薩摩訶薩成就四法，滅先所造久積過罪。何等為四？所謂悔過行，對治行，制止力，依止力。復次，悔過行者，於不善業行多所改悔；二、對治行者，謂造不善業已，極為善業及餘利益之所對待；三、制止力者，由讀誦禁戒得無毀犯；四、依止力者，謂歸依佛、法、僧寶，亦不棄捨菩提之心。由能依止是力，決定滅彼罪等。』佛言：『慈氏！是為菩薩摩訶薩成就四法，滅先所造久積過罪。』」
論曰：復次，應知說悔過行。如《金光明經》偈云：
十方住世，兩足之尊，以悲愍心，當證知我。
若我先造，廣大罪業，住十力前，皆悉懺悔。
未識佛時，未識父母，未識善惡，我造此罪。
自恃種族，及恃財寶，盛年傲逸，我造此罪。
心念口言，造眾惡業，謂不可見，我造此罪。
愚夫惡行，煩惱覆心，由無智暗，近惡知識。
遊戲樂著，或住憂恚，財無厭足，我造此罪。
貧窮諂詐，由生慳嫉，不親聖人，我造此罪。
因欲生怖，於去住時，不得自在，我造此罪。
因欲恚怒，動擾其心，飢渴所逼，我造此罪。
飲食衣服，由斯三種，諸結熱惱，我造此罪。
身語意業，三種惡行，具如是相，我悉懺悔。
若於佛法，及聲聞眾，不起尊重，我悉懺悔。
又若緣覺，及菩薩眾，不生恭敬，我悉懺悔。
或於有德，諸說法師，不起承迎，我悉懺悔。
由謗正法，而常無智，不敬父母，我悉懺悔。
十方三世佛，觀察護念我，心運無緣悲，哀受我懺悔。
我於百劫中，先若造諸罪，常懷憂怖心，哀愍願消除。
又心常怯弱，怖此諸過咎，於四威儀中，曾無歡樂想。
諸佛具大悲，除諸世間怖，今當願攝受，解脫諸怖畏。
我先造諸罪，對如來發露，以佛大悲水，洗滌煩惱垢。
又若此罪惡，一切皆懺悔。
若已作之罪，皆不敢覆藏，若未作之業，一切不復造，
謂身業三種，及語四過愆，與意業三毒，一切皆懺悔。
論曰：菩薩所得罪犯，約勝說有輕、重。故《優波離所問經》云：
「於根本罪等比而說，何者復重？佛言：『優波離！住大乘菩薩，如犯殑伽沙數貪罪與一瞋罪，於菩薩乘為作校量，此二罪中瞋唯屬重。所以者何？優波離！起瞋者捨離眾生，然起貪者愛護眾生。優波離！若愛護眾生則不為煩惱，於菩薩所無有災橫等怖。乃至是故，優波離！若有犯貪罪者，皆名無罪。是義云何？愛護眾生者如前增勝，故我說深心有是悲愍。』佛言：『優波離！菩薩若無方便善巧，則畏犯貪罪；若菩薩有是方便善巧者，則怖犯瞋罪，而不怖犯彼貪愛。何以故？方便善巧者具悲、智二種，而不捨離眾生。若捨眾生者，唯一智惠悟解苦空，或唯悲愍，非久如間為煩惱力之所減滅。』」
如《方便善巧經》云：「善男子！譬若取明之人，為彼索五處繫縛，以真言王於所求法即能超越。由一真言明力，悉能斷除一切縛法。善男子！是菩薩方便善巧受五欲樂亦復如是，然於所作不亂正行，謂若以一智力遍一切智心，淨諸欲樂，當生梵世。」
論曰：瞋義云何？謂本性為大罪故，由廣分別不生方便悲愍，行恚怒者然非利益。何名過失？以容受彼則長養煩惱，減失悲愍，斯為過失。斷此根者後當可見。若菩薩如於眾生失悲愍心，則於眾生廣大利益相續減失。
故《聖諦品》云：「應知如父見子起悲愍心。謂若棄除世間利樂悲愍，則亦當遠諸有智。又若菩薩勸行於欲，減失利益，是故說貪過咎得二種難。彼著欲者，譬無目人，違害父母，於下劣欲而生苦惱，損減天趣。又著欲者，毀犯禁戒，遠離人境，是故希求己樂，厭捨他苦，非真實見。應以他苦惱如己苦惱，然不自修習，起二種失。」
如《月燈經》說：「佛告阿難：『假使有人從足至頂，洞然熾焰成一火聚。復有人來語如是言：「我勸汝身共受五欲，歌舞嬉戲！」』佛告阿難：『於意云何？是人勸就此身可共五欲歌舞嬉戲不？』阿難白言：『不也，世尊！』佛告阿難：『是人於歌舞嬉戲由分別橫起，勸就此身共受五欲歌舞嬉戲。如來不爾，往昔修菩提行時，見諸眾生三惡道苦及貧窮者，心無悅樂。』」
論曰：世間有子不見父母，懷耽痛苦，有此大恩，唯見己樂，或親、非親愍惜覆藏。守護善法幢者，勿行邪欲。此於眾生或為利益、或復損害，謂若縈纏。嗜彼欲者，斯為過咎，具正梵行，作利益故。若比丘入是行處，應如母、妹而供侍之，不應於他如梵行類成就眾生，固當遠離。
如《無盡意經》云：「於時、非時復捨其所作，或見眾生增上利益，亦住是學處。」
又《方便善巧經》云：「昔光明梵志，於四萬二千歲中嚴持梵行，住七步已發生悲愍，設犯禁戒受地獄苦，不應棄彼令趣命終。善男子！是光明梵志即時執彼右手，作如是言：『姊起，如其所欲』。以要言之，善男子！如是深妙欲中起大悲心，於十千劫受輪迴苦，後復還修梵行。善男子！以菩薩方便善巧得生梵世。」
彼經又說：「若有菩薩為一眾生發善根者，於其色相如罪所墮，百千劫中受地獄苦之所燒煮。世尊！彼菩薩然起是罪無地獄苦，謂由於一眾生亦不捨離此善根故。」
彼經又云：「善男子！此方便善巧菩薩有極重罪，謂或時遇惡知識，勸就此蘊取證涅槃。然於後際不復堪任被斯鎧甲，何容化度一切眾生？故我不起是心，如彼輪轉化度眾生。又若設有是罪，如其法行使無過咎。善男子！若出家菩薩一切分別所造過四重罪，是菩薩具方便善巧者，隨起即悔，說為無罪。」
如《寶雲經》所明：「造極無間者，謂令人死，聲聞律中名根本罪處。又若犁剝鹿屬，如起悲愍，說為無罪。此貪得者，若菩薩起貪，猶生善趣，則不應瞋怒。如說方便善巧菩薩樂作貪暗，於妙女色極樂修作，數數願求生女人中；厭彼貪心，捨女身已，得丈夫相，成大身者。佛告阿難：『汝見如是功德不？自餘眾生雖行如是起猛利貪，然猶出離苦器生人、天趣，乃至藥王大士。云何菩薩起瞋？謂若發生煩惱，何容施諸妙樂等。』」
論曰：若為此名聞，如是於餘眾生利益方便設起貪者，說為無罪。此方便善巧菩薩所造利益，而不棄捨眾生，廣如彼說。然非得地六度妙行，於此伺察極善相應，是故不容瞋等。
又《優婆離所問經》云：「佛言：『舍利子！菩薩有二大罪，何等為二？謂心與瞋俱及與癡俱。乃至，舍利子！應先志誠懺十惡罪，及五種僭亦當懺悔，謂手執眼觀心難制止，或於一眾生兼餘二種。舍利子！復說有重五無間罪。謂具作此菩薩，或時於他婦女染行非法，手斷命根，盜佛塔物、四方僧物，菩薩爾時如犯彼罪，應向三十五如來前於晝夜中一懺悔云：
我某甲歸依佛 歸依法 歸依僧
那謨釋迦牟尼佛 那謨金剛消伏壞散佛
那謨寶焰佛 那謨龍自在王佛
那謨勇猛軍佛 那謨勤勇喜佛
那謨寶火佛 那謨寶月光佛
那謨不空見佛 那謨寶月佛
那謨離垢佛 那謨勇施佛
那謨梵德佛 那謨梵施佛
那謨水王佛 那謨水天佛
那謨賢吉祥佛 那謨栴檀吉祥佛
那謨無邊威德佛 那謨光吉祥佛
那謨無憂吉祥佛 那謨那羅延佛
那謨華吉祥佛 那謨淨照明遊戲神通佛
那謨蓮華光遊戲神通佛 那謨財吉祥佛
那謨念吉祥佛 那謨善名稱吉祥佛
那謨因陀羅網幢王佛 那謨善游步吉祥佛
那謨安祥行佛 那謨勝游步佛
那謨普遍光嚴吉祥佛 那謨寶蓮華勝游步佛
那謨寶蓮華善住娑羅樹王佛
如是現前乃至一切世界如來應供正等正覺，惟佛世尊觀察護念，我於今生或至餘生，及無始來生死輪轉造業障罪，自作、教他、見作隨喜；或盜窣堵波物、四方僧物，五無間業、十不善業道，自作、教他、見作隨喜。由斯業障毀除禁戒，應墮地獄，或旁生趣、焰魔境界；若生邊地及蔑戾車，生長壽天；設得為人，諸根不具，深著邪見，離佛出世。此諸業障，佛以真實慧、真實眼、真實證明、真實稱量，悉知悉見，今悉懺悔不敢覆藏。若我毀犯禁戒等罪，願佛世尊觀察哀愍！若我今生或至餘生，及無始來生死輪轉，乃至於旁生趣，或嘗施一摶食、護一淨戒；若脩梵行所有善根，化度眾生，發菩提心，及無上智一切善根。如稱量已，無不迴向最上最勝阿耨多羅三藐三菩提果，我今亦如過去、未來、現在諸佛之所迴向。
乃至偈云：
懺除一切罪，諸福皆隨喜，及勸請諸佛，演說無上道，
過去及未來，現住人中尊，無邊功德海，一切歸命禮。
舍利子！是菩薩於三十五如來前，如是作已，是諸如來隨知作意，得罪清淨。由罪清淨故，此諸佛世尊當現其前，如是解脫利益眾生現諸相好。由是愚夫異生於此化度輒生疑惑，乃至一切聲聞及緣覺眾，而不能使彼惡作罪處清淨地。若有菩薩於此諸佛如來名號，而常持念，晝夜三時轉正法行，出離彼罪得三摩地，說此是名悔過及對治行。』」
論曰：讀誦甚深經典得彼罪滅，如《能斷金剛般若波羅蜜多經》云：「復次，須菩提！若善男子、善女人，受持讀誦此經，若為人輕賤。所以者何？是人先世所造罪業，應墮惡道，由見是法，以今世人輕賤故，先世罪業則為消滅，得佛菩提等。」
論曰：信解空性得罪惡清淨故。《如來藏經》云：「佛言：『迦葉波！有十不善業道，是為大罪。此最極殺生者，謂若殺父、斷緣覺命。最極不與取者，謂若欺奪三寶財物。最極欲邪行者，謂起污母及無學尼。最極妄語者，謂言我是如來。最極兩舌者，謂於聖眾作離間語。最極惡口者，謂呵毀聖賢。最極綺語者，謂巧構浮飾亂諸法欲。最極貪者，於正道財利起侵奪心。最極瞋者，於五無間無悲愍心。最極邪見者，謂橫起僻執深險惡見。迦葉波！若一眾生具足如是十不善業道大罪者，如來以是因緣宣說法要，為令悟入無我、無人、無眾生、無命者，無作無受，是行、是造作、是幻化，然諸法性即煩惱性，入解諸法自體明亮，信解諸法種種清淨。我不說有眾生墮惡趣者。』」
又《淨諸業障經》云：「復次，文殊師利！若菩薩觀非律是律則見罪非罪，觀輪迴界即涅槃界則見諸煩惱是為緣生，當知是人得業障清淨。」又《底哩三昧耶王經》說對治行云：「若閉目觀緣諸佛、菩薩，誦百字明八千遍已，開眼備佛、菩薩等，得離彼罪。或右繞佛塔，誦八千遍塔像經典，隨一現前，如儀廣說。」
又《尊那陀羅尼經》云：「若念誦已，乃至夢見是相，得滅彼罪。若夢天女，授乳酪飯，得離彼罪。或見日、月昇虛空中，猛火、水牛及黑丈夫怖走而去；又若夢見比丘、比丘尼眾或乳木樹、白象、白牛；山峯、船舫處、大殿堂及師子座聽聞妙法，應知悉是罪滅之相。」
又《如來形像品》說對治行云：「譬若有人不淨塗身，臭惡可厭，以水洗灌施妙塗香，而彼臭惡即時遠離。如是造作五無間罪，具足遍行十不善業道，若得信解如來，造佛形像，得離彼罪。由無罪故，智慧殊勝，具菩提心。由殊勝故，而或出家，堅持淨戒。」
《花積陀羅尼經》云：「爾時師子遊戲如來當住於世，經百千歲施諸妙樂，時彼如來般涅槃後起舍利塔。若人以菩提心，持彼一花供養如來，合掌稱名或洒水為淨，及一花鬘、塗香、花燈，乃至身行一步，超諸言說稱南無佛，於彼師子遊戲如來勿應疑惑，若於一劫、百劫、千劫，返墮惡道者，則無有是處。」
又《藥師琉璃光王經》云：「若持五戒、十戒、菩薩四重戒、出家比丘二百五十戒、比丘尼五百戒，如於所受或有毀犯，怖墮惡道。若人專念藥師琉璃光王如來名號，如其供養，是人決定不墮惡趣。爾時世尊告阿難言：『若我稱讚彼佛世尊藥師琉璃光王如來所有功德，是為諸佛甚深境界，汝無疑惑，生實信不？』爾時具壽阿難陀白佛言：『世尊！我於如來所說經中不生疑惑，所以者何？一切如來身、語、意中所集善行無不清淨。世尊！此日、月輪最為高遠，具大威光，可使墜地，妙高山王亦可傾動，是諸佛言終無異也。世尊！然有眾生信根不具，聞說諸佛甚深境界，便發是言：由何唯念一如來名，便獲爾所功德勝利？由斯不信便生誹謗，於長夜中退失利樂。』佛告阿難：『若聞彼佛名墮惡趣者，無有是處。阿難！此是諸佛甚深境界，難可信解。阿難！汝信解者應知皆是如來威神之所建立，非諸聲聞、緣覺、未登地者，唯除一生所繫菩薩摩訶薩。』」
故彼經又云：「若餘淨信善男子、善女人、鄔波索迦、鄔波斯迦，具足八分齋戒，一年、三年受是學處，以此善根，願生西方極樂世界無量壽如來前者，若得聞是藥師琉璃光王如來名號，是人臨命終時，八大菩薩皆以神通來示正道。復有種種間色，世所希有眾寶蓮華，自然化生。或復生於天上，如是生處而宿植善根，彼無窮盡，亦復無有墮惡道怖。彼天歿已，復生人世，為轉輪王統四大洲，與無量百千萬俱胝眾，住十善業道；後復生彼剎帝利、婆羅門、長者、大種族中，財物豐饒，庫藏盈溢，色相眷屬皆悉具足。」
彼經又云：「若有女人，得聞是藥師琉璃光王如來名號受持者，後轉女身。」又《文殊莊嚴佛剎功德經》云：「妙吉祥言：『我亦恭敬是惠上菩薩、光幢菩薩、如意願菩薩、寂根菩薩，若有女人持是四菩薩名號者，得轉女身後不復受。』」
論曰：對治行略如前說，制止力今當說。如《地藏經》云：「若菩薩摩訶薩離殺生者，即是施與一切眾生無憂無怖，及無悲惱、驚懼毛豎。以斯善根果報，所有前際乘五趣輪溺生死海，因是殺生，造身、語、意一切業障，自作、教他及隨喜作，由此遠離殺生輪故，一切摧滅乃至不受其報。於現身中得壽命長遠，諸天及人之所愛樂。復次，善男子！若菩薩摩訶薩乃至盡形壽離不與取，即是施與一切眾生無憂無怖及無熱惱，不生動亂，於自財利而行喜足，終不希取非法之利。以斯善根，乃至因是遠離不與取故，一切業障摧滅無餘，不受其報。以要言之，如是十不善業道，亦能對壞自所修善。」
如《月燈經》云：「聞瞋滅罪者，如說凡愚不實瞋罵誹謗者，安住忍伏，盡諸往昔所造罪業，及於菩薩所起瞋等。」
論曰：制止力已如前說，依止力今當說。故《諸緣起中釋》云：若能歸依佛者不墮惡道，捨此人身得生天趣，若法、若僧亦同上說。
又《慈氏解脫經》說：「菩薩淨諸罪業者，諸不善法遍若大地，而劫火起時，一切所有無不燒者，乃至譬若有人以喝吒迦汁一兩點，千兩鐵而作黃金，非彼多鐵能令少汁而返成鐵。此發一切智心亦復如是，以一善根迴向智，能攝受一切業煩惱障成一切法智，非諸業煩惱障能令一切智心而為煩惱。善男子！又若有人持以一燈，入照暗室，即時能破千年亙古之暗。此發一切智心亦復如是，如入一眾生心無明暗室，俱能破壞百千不可說劫亙古業煩惱障，發智光明。善男子！如大龍王，首戴如意摩尼寶王冠，無他冤敵等怖。此菩提心亦復如是，若菩薩具大悲心，無有惡道冤敵等怖。」
《優波離所問經》云：「此住大乘菩薩摩訶薩，於初日分時有毀犯罪，當中日分時不捨行一切智心，如是菩薩得戒蘊具足。若中日分時有毀犯罪，當後日分時不捨行一切智心，則菩薩戒蘊亦復具足。我應復說如是次第，佛言：『優波離！此住大乘菩薩或時捨戒學處，然於彼菩薩勿起惡作，亦勿隨轉；若復於彼聲聞乘者展轉說，為有毀犯罪，然聲聞人謂失戒蘊，應如是知乃至廣說。』」